John Ortiz a fait ses débuts au cinéma en 1993, aux côté d'Al Pacino dans l'impasse de Brian De Palma, ce qui fera de lui un acteur très demandé aussi bien au cinéma qu'à la télévision, avec des participations à des films comme La Rançon de Ron Howard, Amistad de Steven Spielberg, Narc de Joe Carnahan, Miami Vice de Michael Mann, Le Prix de la loyauté de Gavin O'Connor, American Gangster de Ridley Scott, ou bien encore Public Enemies, encore une fois réalisé par Michael Mann. Une filmographie où dominent essentiellement les films policiers.
En 1992, il fonde la Latino Actors Base (lui même étant d'origine portoricaine), qui deviendra par la suite le LAByrinth Theater Company. Cette compagnie de théâtre représente une part non négligeable de son travail. En 2003, il obtient un rôle à Broadway.