Avec Charlie, Stephen King, le maître de l'horreur, propose à ses lecteurs à la fois un roman au suspense très efficace, et une réflexion sur l'eugénisme et les horreurs commises au nom de la sécurité nationale.
Le roman peut tout à fait se lire au premier degré, comme d'ailleurs tous les romans du King, ce qui explique en grande partie son immense succès commercial; en effet, Charlie est, d'un point de vue structurel, très bien écrit, se découpant en trois parties de taille comparable:
Première partie: La fuite. Conçu comme un véritable Ride au travers des Etats-Unis, le premier chapitre du roman est sans doute la partie la plus efficace du roman, car sans pause, au rythme totalement maîtrisé, et à la dramatique inéluctabilité qui créé un suspense haletant (car comme le disait si justement Alfred Hitchcock, le suspense c'est lorsque l'on sait ce qui va se passer). Stephen King, dans cette partie, nous présente à la fois les personnages, les enjeux, tout en imposant un rythme à son lecteur inhabituel chez l'auteur, lui qui a plutôt tendance à laisser les choses s'installer afin d'ancrer le plus possible le surnaturel dans le quotidien le plus banal (comme par exemple dans Simetierre).
Seconde partie: l'enfermement. Cette partie est sans doute la plus faible du roman, car on y retrouve tous les défauts de l'auteur, à commencer par un croquemitaine pratiquement omniscient (Rainbird), un archétype que l'on retrouve dans pratiquement tous les romans de King (que ce soit le monstre de Ça, Ed Deepneau dans Insomnie, Annie Wilkes dans Misery, ...). Cet archétype est pratiquement toujours utilisé de la même manière par l'auteur, à savoir une entité (qu'elle soit réelle ou fantasmée) qui emprisonne le héros dans ses peurs et qui catalyse toutes les angoisses de celui-ci (la peur de la page blanche pour Paul Sheldon dans Misery, les psychoses de chacun des personnages principaux de Ça, la peur du monde extérieur, et plus encore du passage à l'âge adulte, ou l'adolescence, dans Charlie). Bien entendu, dans tous ces romans, le but de cet grand méchant loup symbolique n'est autre que de transcender le ou les héros, qui retrouveront confiance en eux, bien souvent au prix d'un gros sacrifice (ici le père), et remodèleront leur monde, leur psyché, et plus important encore, leur avenir, par le truchement de ce monstre.
Dernière partie: la liberté. Elle même divisé en deux sous parties (le déferlement de fureur pyrotechnique et la mise à l'abri), cette conclusion de l'histoire, même si elle est hautement prévisible, n'en reste pas moins attendue et désirée par le lecteur, Stephen King sachant très bien sur quel corde jouer pour faire vibrer son lecteur. Alors bien sur, cette fin est sans surprise (mais en même temps c'est le cas de pratiquement tout le roman), mais elle conclue idéalement une histoire d'une noirceur pratiquement totale.
 
Les pouvoirs mentaux des sujets du Lot Six ne sont pas sans rappeler les futurs vampires psychiques de l'Echiquier du mal de Dan Simmons, dans les deux romans l'auteur s'attaquant aux pouvoirs manipulant les masses (ici, les services secrets, chez Dan Simmons les médias, les religieux, les militaires, les industriels, et bien entendu les forces de l'ordre). Chez Stephen King pourtant, les pouvoirs psychiques ne sont pas du côté des manipulateurs, mais des opprimés. Une façon de dire à la fois que la force de changer les choses est en chacun de nous, mais surtout que l'armée, les services secrets, et de façon générale les institutions, agissent comme un buldozer destructeur, broyant les gens et en faisant de véritables moutons. En cela, Charlie s'éloigne des romans de Stephen King, défendant habituellement l'American Way of Life et le bonheur américain.
 
Charlie peut être considéré comme faisant partie des meilleurs romans de son auteur, de par sa construction (qui ne s'étale pas plus que de raison, comme d'autres romans de l'écrivain), carrée et diablement efficace, mais aussi et surtout car il propose un sujet plutôt rare chez Stephen King, à savoir la remise en question de certains fonctionnements cachés des services secrets américains.