Michael Baigent a reçu une éducation catholique très stricte, allant jusqu'à trois fois par semaine à la messe. Plus tard, alors au collège, il se tournera vers d'autres religions, comme le bouddhisme ou l'hindouisme. Ce qui explique sans doute comment il obtint, des années plus tard, un Master en mysticisme et expérience religieuse (en plus de son "plus sérieux" master en psychologie).
En 1976, après avoir vécu un temps en Australie, et avoir voyagé en Asie, Michael Baigent part s'installer en Angleterre, pays où il rencontre Richard Leigh. Il travaille un temps à la BBC, en tant que photographe. Puis, poussé par son ami Richard Leigh, Michael Baigent commence à s'intéresser au mystère de Rennes-Le-Château. Un troisième homme, en la personne d'Henry Lincoln, vient de joindre aux deux hommes, et leurs efforts conjoints aboutiront à L'Enigme sacrée, un essai de révisionnisme historique et religieux remettant en cause les fondements même de la religion catholique. Le livre sera un best-seller, peut-être même le plus important du genre. A tel point que Dan Brown s'en inspirera fortement pour son Da Vinci Code, roman dans lequel on retrouve pratiquement toutes les thèses défendues par L'Enigme sacrée. Suite à ce succès, Michael Baigent sortira d'autres essais du même type, là encore en collaboration (avec Henry Lincoln pour Le Message, et avec Richard Leigh sur pratiquement tous ses livres).
Fortement critiqué quand à son respect de l'histoire, Michael Baigent n'en reste pas moins un auteur qui a vendu énormément de livres.
 
Michael Baigent est un franc-maçon déclaré, qui fut même Grand Officier de la Grande Loge Unifié d'Angleterre.