Henry Lincoln commence sa carrière dans les années 60 en tant qu'acteur, apparaissant en particulier dans les séries britanniques chapeau melon et bottes de cuir et les Champions, avant de se tourner vers le métier de scénariste, écrivant, toujours dans les années 60, quelques épisodes de la série Docteur Who.
En 1969, Henry Lincoln visite le petit village français de Rennes-Le-Château, village où un mystère plane depuis des années, et cette découverte va radicalement changer sa vie. A partir de là, il va se passionner pour le mystère, et réalisera pour la BBC plusieurs films sur le sujet, avant de sortir un livre, l'énigme sacrée (1982), qui va rapidement devenir un best-seller. Plusieurs autres enquêtes, toujours sur le sujet de l'ésotérisme, suivront.
Depuis, l'homme partage son temps entre l'Angleterre et la France, sa fascination pour le village de Rennes-Le-Château l'ayant poussé à venir s'y installer.
 
En 2006, les coauteurs de l'énigme sacrée, Michael Baigent et Richard Leigh intentent un procès à Dan Brown, accusant l'auteur de n'être inspiré de leur best-seller pour son Da Vinci Code. Henry Lincoln de son côté ne se solidarise nullement aux deux hommes dans cette action en justice, estimant que les idées défendues par l'énigme sacrée ne sont nullement nouvelles. Dan Brown sera d'ailleurs finalement acquitté.