Suite du fabuleux Dune, de Frank Herbert, le messie de Dune se déroule quelques années après la victoire de Paul Atréides sur l'empereur Shaddam IV et le baron Harkonnen. Devenu empereur de l'univers, Paul, habité par ses visions, qui se font de plus en plus présentes, impose la vision Fremen à l'univers, par la violence et la religion.
Ce second volume de la saga de Dune est moins riche que le précédent, aussi bien d'un point de vue action que message. Le lecteur, ne pouvant s'empêcher de juger ce volume à l'aune de son prédécesseur, risque d'être légèrement déçu par ce volume. Pourtant, l'auteur continue à étudier les rapports étroits existant entre pouvoir, religion, économie et écologie. Dans le messie de Dune, comme son titre l'indique clairement, la religion prend une place prédominante. L'auteur nous démontre de façon brillante comment les meilleures intentions (celles de Paul sont à priori les plus pures) peuvent entraîner les exactions les plus dramatiques. Vu comme un messie par les Fremen, il se retrouve vite pris dans un étau, ne pouvant plus agir comme il l'entend, le moindre de ses mots étant interprétés par les prêtres de sa propre religion (dont sa soeur en est la grande prêtresse). A tel point que lui qui désire la paix se retrouve à la tête d'un empire donnant la mort à des millions d'êtres humains, dont la seule erreur est de ne pas adorer Muad'Dib.
Frank Herbert, très inspiré par l'Histoire, nous montre comment une religion évolue, en particulier la religion catholique. A l'origine secte pourchassée par Rome (les Fremen sont dans exactement la même situation dans Dune), elle devient ensuite puissante jusqu'à devenir expansionniste (la colonisation des Amériques / l'univers dans le messie de Dune), avant de devoir évoluer pour survivre (la "pacification" de la religion catholique / la révolution religieuse des enfants de Dune).
Tandis que la religion Fremen s'impose à l'univers, la société humaine dans sa totalité totale subit un bouleversement majeur, religion et culture étant intimement lié au point qu'il est souvent très difficile de dire où s'arrête l'influence de l'un et où commence l'apport de l'autre. Le messie de Dune aborde cette notion, montrant l'évolution de la pensée fremene, qui s'adoucit tandis que la société humaine, se "fremenisant", se durcit.
L'écologie de la planète Dune évoluant, afin de rendre la vie plus facile à ses habitants (ce que font tous les colons partout dans le monde), l'équilibre planétaire change, et les ressources rares deviennent communes (l'eau, l'herbe), et inversement (l'épice, les vers des sables). En rendant la vie à priori plus facile, les habitants de Dune, sans s'en rendre compte, se préparent des lendemains difficiles, leur principale ressource, l'Epice, risquant à terme de disparaître. Une seule personne s'en rend compte: Alia l'Abomination (qui passe de personnage héroïque dans Dune à personnage inquiétant dans cet épisode, avant de devenir l'ennemi dans les enfants de Dune). Cependant, il se trouve qu'elle cherche justement à voir l'Epice disparaître, l'auteur montrant ainsi que les buts des dirigeants des religions sont souvent bien différentes de celles affichées publiquement. Ce n'est pas un hasard si le personnage le plus dangereux de tout le cycle est justement celui qui a entre les mains les clés du pouvoir religieux (Paul n'étant "que" le Dieu de cette religion).
Paul, quand à lui, se retrouvant figé dans sa double position d'Empereur et de Dieu de la religion fremen, se voit obligé de trouver une solution pour sortir de cette impasse. La mort est la seule solution efficace. Toute autre ne ferait qu'entraîner la chute de sa propre vision. La fin du roman, et le destin de Paul sont ainsi symboliquement très fort: un empereur (ou un dieu) ne sont finalement que des pantins entre les mains d'autres puissances, chacun étant manipulé par quelqu'un d'autre.
 
A noter le retour d'un personnage jusque là secondaire de la saga, Duncan Idaho (il faut dire qu'il mourrait dans Dune). Ce personnage est amené dans les épisodes suivants à prendre une importance de plus en plus grande, jusqu'à pratiquement devenir LE véritable héros de la saga. Ou comment le destin d'un pays (ici de l'univers) peut dépendre de (pratiquement) n'importe qui. Il ne s'agit ni plus ni moins qu'une variante sur le rôle des petits dans le déroulement de l'Histoire cher à J.R.R. Tolkien.
 
Loin d'être aussi pessimiste que l'on pourrait penser au premier abord, le Messie de Dune est une réflexion très intelligente sur le pouvoir. Coincé entre deux monstres de puissance évocatrice (Dune et les enfants de Dune), le Messie de Dune est souvent considéré comme l'enfant pauvre de la première trilogie, car à priori moins riche en réflexion, et surtout faisant appel à de nouvelles forces (les Tleilaxu et Ix), ce roman n'en reste pas moins l'un des plus grands livres du genre.
 
La fin du premier cycle de Dune se conclue par les enfants de Dune.