Initialement, Frank Herbert n'avait pas imaginé son cycle de Dune tel qu'il est aujourd'hui. Son ambition littéraire s'arrêtait à la première trilogie (Dune, Le messie de Dune et Les enfants Dune), déjà très riche thématiquement. Le succès est énorme, et devant la pression de tous (éditeur et lecteurs en tête), il se voit pratiquement obligé de continuer sa saga. Surtout que l'auteur a encore beaucoup de chose à dire.
A nouveau cycle, nouveau style. L'auteur décide dans un premier temps de construire son roman sous forme de narration à la première personne, suivant les réflexions de Leto, devenu pratiquement immortel, et toujours à la recherche de son Sentier d'Or. Mais, rapidement, Frank Herbert se rend compte de la limitation qu'il s'imposerait avec une telle narration, et il revient sur son intention. Cependant, au travers des écrits de Leto, on retrouve cette idé première tout au long du roman, les pensées de l'Empereur Dieu restant le moteur de l'histoire de l'empereur dieu de Dune. Ce roman est, de toute la saga Dune, le plus introspectif.
En effet, il y a très peu d'action dans l'empereur dieu de Dune. C'est d'ailleurs l'une des marques de fabrique de la saga entière, se démarquant ainsi des romans de science-fiction classique, et en particulier de Space-Opéra, où l'action prime sur le reste. 30 ans plus tard, c'est toujours le cas, Space-Opéra est toujours synonyme d'action et d'aventures débridées (comme par exemple la saga Traquemort de Simon R. Green). Mais là où Herbert abandonne l'action, il la remplace par une somme de réflexions thématiquement fortes: Religion, économie, écologie, histoire, le pouvoir, etc.
Non content de reprendre ses idées là où il les avait laissés lors de son premier cycle, l'auteur cherche ici à non démontrer que lorsqu'une idée est bonne un jour, elle peut être considérée comme mauvaise le lendemain: le choix de Paul dans Dune par exemple, à savoir renverser l'empereur pour survivre, aura des conséquences désastreuses à long terme, qu'aussi bien Paul que Leto ont entrevus. Mais ils sont les seuls. Et pour redresser la barre, Leto se voit obligé de devenir le tyran le plus inhumain (dans tous les sens du terme). Ce choix pose une autre question, essentielle à la compréhension de ce roman: De mauvais actes peuvent-ils avoir de louables intensions? Peuvent-ils aboutir à de bonnes choses?
L'Histoire est malheureusement remplie de gestes de ce genre, nombre de despotes (ou juste chef d'états) ont agit cruellement et violement au nom du Bien. Dans bien des cas, ces dirigeants ont en effet agi en bonne fois, pensant agir pour le bien de la société. Dans le cas de Leto, cependant, ses actes sont totalement bons dans leur but ultime, à savoir la survie de l'humanité.
Une autre thématique centrale de cette nouvelle trilogie, et déjà présente dans la première, est la question du rapport de l'Homme face à la technologie. Celle-ci lui est-elle réellement utile? Ou bien est-elle un danger mortel pour lui? Deux facettes de cette technologie sont évoqués dans l'empereur dieu de Dune: la technologie mécanique et l'ingénierie génétique, la première aux travers des ixiens, et la seconde vie le Bene Tleilax. Dans un cas comme dans l'autre, Leto les interdit, ce qui est en soi un signe fort de l'idée que s'en fait l'auteur. Mais d'un autre côté, ce même Leto utilise l'un et l'autre (par de son chariot pour la mécanique, et au travers de son ghola et de Hwi Noree pour les seconds). Ce qui laisse supposer soit que Leto est faible, adepte du "faîtes ce que je dis, pas ce que je fais", soit, ce qui est évidemment une réponse plus juste, que la technologie, comme toute chose, est bonne tant qu'elle est utilisée avec parcimonie. Que Leto périsse justement par la technologie (son bras droit finit écrasé par son chariot, lors de son mariage avec Hwi Noree, tué par son ghola) n'est pas sans raison.
 
Avec l'empereur dieu de Dune, Frank Herbert relance sa mythique saga d'une façon remarquable, ce roman étant d'une richesse rare, peut-être l'un de plus denses du genre. Les Hérétiques de Dune fait suite à ce roman premier de la seconde trilogie de Dune (la dernière de l'auteur).