Calista Flockhart a connu la gloire en 1997 en acceptant le premier rôle de la série Ally MacBeal. Rôle qu'elle a failli refuser, car à l'actrice n'était pas très fan de séries T.V., préférant de loin le théâtre. Elle est en effet apparue dans nombre de pièces aux travers des Etats-Unis, et en particulier à Broadway.
Côté cinéma, son premier véritable rôle date de 1966, lorsqu'elle apparaît dans the birdcage, remake de la fameuse comédie française la cage aux folles.
En 1999 elle partage l'affiche avec Christian Bale dans le Songe d'une nuit d'été, tiré de la pièce éponyme de William Shakespeare.
En 2005, elle change de registre, toujours au cinéma, dans le Fragile du réalisateur espagnol Jaume Balagueró.
 
Depuis 2002, elle partage sa vie avec l'acteur américain Harrison Ford.