Acteur britannique, Ben Whishaw commence a faire parler de lui cinématographiquement parlant à partir de la fin des années 90, mais sa carrière ne prend réellement son ampleur qu'à partir de 2004, année où il joue dans le Layer Cake de Matthew Vaughn, aux côtés de Daniel Craig. Sa performance dans ce film le fait remarquer par le producteur Bernd Eichinger, qui cherche alors un acteur pour incarner Jean-Baptiste Grenouille dans la future adaptation du roman de Patrick Süskind, le parfum: histoire d'un meurtrier. Il sera engagé pour tenir le rôle, devant des acteurs pourtant plus bankable, comme Leonardo DiCaprio ou bien encore Orlando Bloom.
 
Il avoue vouer un culte à l'acteur américain James Stewart, ainsi que (logiquement) au film d'Alfred Hitchcock, Sueurs froides.