The Dead Zone est sans doute son film le plus plébiscité, avec la rafle des récompenses au feu Festival d'Avoriaz (trois récompenses sur les cinq du Festival). son film suivant, La Mouche, remake du classique de 1958, avec Geena Davis et Jeff Goldblum, en plus de recevoir le prix du Jury au même Festival d'Avoriaz, se voit surtout récompensé de l'Oscar des meilleurs maquillages.
En 1991, avec son film le Festin Nu, adaptation du roman de William S. Burroughs, David Cronenberg se voit récompensé dans son pays natal, le Canada, de huit Genie Awards (dont meilleur réalisateur, meilleur film et meilleur scénario). Le film recevra aussi le New York Film Critics Circle du meilleur scénario et le prix de meilleur scénario de la Boston Society of Film Critics.
En 1996, sort Crash, qui créé un polémique, la violence (sexuelle et physique) montrée à l'écran choquant nombre de personnes. Cela n'empêche pas le film de recevoir le très convoité prix du public à Cannes, ainsi que de nombreuses récompenses aux Genie Award (meilleur réalisateur, meilleur scénario d'adaptation, meilleure photo, meilleur montage et meilleur montage son). A ce jour Crash est le film de David Cronenberg qui a connu le plus gros succès au box office canadien.
On a aussi pû voir David Cronenberg apparaître dans la série Alias aux cotés de Jennifer Garner.
 
Pour l'ensemble de sa carrière, David Cronenberg s'est vu nommé en 2001 docteur honoris causa de l'université de Toronto, dont il est originaire, et dont il est diplômé de littérature anglaise, diplôme obtenu en 1967. La France l'a fait chevalier de l'ordre des Arts et des Lettres en 1990, puis officier de ce même ordre en 1997. De plus, en 1999, il fut président de ce qui est peut-être le plus prestigieux festival du Septième art, le Festival de Cannes.