Avant de devenir acteur, Jason Lee était skateboarder professionnel, carrière qu'il débuta à l'âge de 13 ans. Il apparaîtra, en skate, dans le clip de Sonic Youth 100%. A l'âge 25 ans il se voit offrir un rôle dans les glandeurs de Les Glandeurs, qui deviendra son ami. Sa carrière cinématographique démarre. En plus des films de son ami (Méprise multiple, Dogma, Jay & Bob contre-attaquent, Père et Fille, Clerks 2, Top Cops), il joue pour Tony Scott (Ennemi d'Etat), Lawrence Kasdan (Mumford, Dreamcatcher, l'attrape-rêve), Cameron Crowe (Presque célèbre, Vanilla Sky), Barry Sonnenfeld (Big trouble).
Il prête aussi sa voix à des films d'animation, comme Les Indestructibles, Monster House et Underdog, chien volant non identifié.
Mais son plus gros succès arrive en 2005, lorsqu'il obtient le rôle titre de la série Earl.
 
Jason Lee est connu pour son appartenance à l'église de scientologie.