Sur une planète attaquée par les frelons, Piel est confié par son père à Jaffar. Obligé de faire escale sur une planète où il rencontre le vieux Silbad, Jaffar finit par découvrir au terme d'une longue aventure que son jeune protégé et le vieil homme ne sont qu'une seule et même personne à des âges différents...

Les dessins animés français sont rares. Ceux de qualité encore plus. Le Maîtres du temps aurait pu (du) faire partie de cette dernière catégorie. Cependant, le manque flagrant de moyen financiers, qui a d'ailleurs obligé à délocaliser l'animation en Hongrie, à une époque où les pays de l'Est n'étaient pas encore l'Eldorado du cinéma, a forcement entraîné la qualité vers le bas. C'est réellement dommage, car les idées sont légions, et le film aurait pu être un grand space-opera dessiné, une sorte de Star Wars animé.
Tiré d'un roman de Stefan Wul, l'orphelin de Perdide, le dessin animé reprend les grandes lignes de l'œuvre de l'auteur français, tout en y rajoutant quelques nouveautés (les deux étranges personnages accompagnant les héros à travers leur périple), en général dans le seul but de rendre l'histoire limpide pour le spectateur, la cible principale du film étant les enfants.
Les inspirations visuelles du film sont nombreuses, allant aussi bien de Star Wars, au travers du bourlingueur interstellaire Jaffar, bien évidemment des bandes dessinées Metal Hurlant, dont Moebius était l'un des piliers, mais aussi Alien dont l'esthétique des vaisseaux (leu coté usé et rouillé) n'est pas sans rappeler le Nostromo. Le personnage central de l'histoire, Silbad, et le plus charismatique, quand à lui, s'inspire directement de l'image d'Epinal du vieux pirate baroudeur et sympathique. Son nom est d'ailleurs un clin d'œil à Simbad le marin, ce qui par induction entraîne une imagerie et un passé du personnage en fait à peine abordé dans le long métrage.
Les divergences par rapport au roman original sont en général bien trouvée, totalement dans l'esprit de Moebius, même si au final le roman de Stefan Wul est bien plus captivant, la faute sans doute à une animation très limite, bridant le texte là où l'imagination lors de la lecture du roman entraîne le lecteur dans sa proche imagination, par principe sans limite aucune. De l'aveu de René Laloux, le résultat final est décevant, les moyens mis à leur disposition étant trop loin de leurs désirs.
La richesse des sujets traités est pourtant impossible à dénier, touchant aussi bien l'identité et le rapport à la société, le pouvoir, et les responsabilités et tentations qui en dépendent, le temps, le film tournant autour d'un paradoxe temporel, via un twist final totalement inattendu (et pour cause, Stefan Wul n'ayant envisagé cette fin que très peu de temps avant de l'écrire), final marquant et inoubliable, méritant à lui seul la vision de ce film.
 

 
Le vaisseau de Jaffar, personnage très proche de Han Solo dans la saga de Georges Lucas Star Wars, est très original, et le film passe beaucoup (trop?) de temps à nous le montrer, sans doute pour pallier aux pauvres moyens, et permettre à un moindre coup détendre la durée du film à son maximum, le reste des décors ne pouvant trop être montrés en plan long au risque de faire apparaître les nombreux défauts d'animation (voir de dessin) parsèment le film. C'est réellement dommage, car les dessins originaux de Moebius sont splendides, et augurait un résultat à l'écran spectaculaire.
De tous ces nombreux défauts (dessin, animation, scénario parfois un peu difficile à comprendre) en ressort une sensation de gâchis, le film ayant un potentiel énorme, voir gigantesque, digne des plus grandes productions, mais qui paradoxalement donne au film un certain charme, même s'il est vrai que le film a très mal supporté l'outrage du temps.